生化分析-化学反应和反应的测量
此过程是分析仪的核心，有以下几点要加以考虑：①反应容器；②反应液的混匀和运送；③反应温度；④反应时间的控制；⑤反应的测量。以最新式连续流动仪为代表说明。$a5t l fp&U
以光导纤维作为反应容器，既是反应处也是测量处，采用囊胞（capsule）技术，即开始的通道较狭窄，标本和试剂形成独立的囊胞，中间隔以气体节段，一旦进入较宽口径的光学纤维通道，试剂和标本就会充分混匀，在不同时间分别测定其吸光度，整个反应是在恒温（30℃或37℃）下进行。
分立系统每个测定是在独立分开的反应杯中完成，分别加入试剂和标本，然后进行混匀，这是化学反应进行完全的重要条件。 G!F8{r6KS ^#a J
由于温度显著影响反应速度，几乎所有生化分析仪中都有控制温度装置，如水浴，空气浴或使用半导体帕替斯元件。9Ts,tk/g\ Z b&] }
在一些分立式分析仪中附有反应杯的清洗装置，反应杯经过清洗可以反复使用，和一次性比色杯相比成本较低，而且不会由于更换比色杯打乱分析过程。
绝大多数分析仪都使用比色法对化学反应进行测量，有一些仪器还使用其它测定方法：反射比色法、荧光比色法、荧光偏振法、比浊法。
以前分析仪中大都使用经典的比色测量结构，即光源、干涉滤片、光电控制器等。近年来对此进行了许多改进，和经典比色结构不同的是采用了列阵二极管检测器，光源发出的多色光，经光栅分光后，不同波长光分别被十个列阵二极管接受，通过其转换的电信号送到计算机中进行计算，不仅避免了经典法中利用马达引起的干扰，不同干涉滤片的差异引起测定的误差，并且可以同时进行双波长乃至多系波长分析，有效减少测定标本中多种物质的干扰，并为同时进行二项测定提供了可能性。
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