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gongzhg 发表于 2008-3-24 17:30

【分享】一些分析软件的简单介绍

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3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费) (kXAIL[
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P r[v+V-Ympi GROMACS (分子动力学软件)(免费)
i4G#kOfj8eEy7A GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web)
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&F_1Spk_^5j| CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费) N!`)j9rJ
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Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)
$Lx0XMoP CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费) Rh!F+FKM@
Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费)
Yr:Q{/@!? ChemTK Lite (QSAR软件)(免费) -uh!Q4C F
Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费) "Go/y(V3rF9s
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Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费) I#?3^8In3y-x#k
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oh(_'WK@ DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)
g k&^"eomS DockVision (分子对接程序)(部分免费) 4l.t+s3op#mZ
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Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)
.[;s@+EL&D_3{ eHiTS: Electronic High Throughput Screening W_&RjVe
EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)
.v.Q\Su0i/K}(by| GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)
!j^ yH[ GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费) :DG Z$?+n*b,iLf
Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)
'[4TH,I6gs*Ik Glide (分子对接程序) {.{4Mc+QM^M
GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)
$H5R{;B ~ i Z HyperChem (分子模拟)
JB
OQB8k)J0Or Interprobe Chemical Services (分子模型化软件) u({ BA1`'Tu
Jmol (分子可视化软件)(免费)
6R/z/N
`4l1C,as List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)
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^ MacroModel (分子力学计算程序)
'~F$oV(uaIo*R MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)
Na-Y,Km'O+IB MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)
3bB4aN:c*? MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费) +m-tVk0WcF
MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费) 1?hQ Ae ?
MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发) f{/V]Yk-_ i+Z
MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)
q:adZm f MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) )Er XA v3g R'M
MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费)
%v~#fe/k`5B MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) :q]A6]ge6X#nn
Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
%t9R7Ox{2os NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)
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B(m+| Norgwyn Montgomery (化学软件公司) &u_0l8}@6TN ~g
NWChem (计算化学软件包) BDI
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OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)
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G)l ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费) ny:bO h.dV
ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)
0N&}:I~p(GG6d OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) 1s8k&ti"Ll2e
PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) i1k@(?2c
PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) KVlPVk~j
PharmTree (3D药效团生成和化合物分类) LMd Yn g |
Pipeline Pilot (药物发现集成平台) h)d{-Z9F*k
PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)

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? a] PreADMET (ADMET预测) 2t2?:Z"Cc
Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)
5|c3Rjp4M^Z qmQ&E ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)
~ d&@m0z } PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)
sM,K2pBaiTq Q-Chem (量子化学计算软件包) sk*B:M{D5\n
SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品 /Z{b6]8_D'SQ
SIGMA (分子动力学相关软件)
{{2G'B1d SimBioSys (药物设计软件SPROUT)
AK{/G6H
[_"_ SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)
Twp/NT9BkNc SURFNET (量子化学计算程序)(免费)
F%w)ED9Fl8B Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)
j'uw!JW8K/bovP Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)
bwT;M0l3F SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)
zT)cp+F2t k)M TINKER (分子设计软件)(免费)
ae)m$CcG6FA UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)
#k/]-AEo+j/\ r6| VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费) JEqW9H
VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)
x#O/BBW Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费) @Y~4}4Z_9iQ
voidoo(空腔探测软件)(免费) .Dk"j5bN
WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费)
-du5V5{X&] WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费) {8NK&n"VF"NR
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费) 0VLBSeT
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大分子对接程序Hex(免费)
h \1isK|:P&nYie 大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)
,h(?VA4Cf 单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费) uK x NO%l
蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)
g$Ub@(q 蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL sf:@:^uqI
分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费) 4Cp~ N:}e"V1ml"r
化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)
@ Jfj.iKb 化学中的常用计算机软件与资源(免费) CA+Z n_7T-|
化学资源工具箱(免费)
iMo\cy$Z.n(Y'Y 计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费) /DU \%wKY
可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)
TCW$s2_W+V+X 量子化学网 Y nc6@9B+b+ZD]\0w
美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源
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美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)
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K.OJ^~ 美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费) k1CJ$C,HP
美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组
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免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费) N:^%k4ap{:O
模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费) f#saPX0v(z|
牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver cZ4t9c,e/YMi
欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations)
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G+jA 生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费) #EJQZ"tVH7|#H LG
牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费) /f/SnY@:e
应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)
tw.Nv(`-g 原子轨道3维模拟演示 1TT%h8v9H;AY)w
海域对流层气溶胶化学箱状模型(MOCCA, 源代码)
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材料模拟计算算法库MAP
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o0KS:Ib1O Engineeringtalk (产品新闻)(免费) \~2?
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GULP (General Utility Lattice Program)(免费)
aV_m6i1Z 过程(工程)相关的单位换算在线工具(免费)
A%sH8?%H 化学工程进展CEP的化工软件目录(免费)
O!c"oDW R|&D_ 计算材料科学Mathub b9RF1S+V:`
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~|P.FDt6c,mMh ANSYS使用手册 }$V V/U5A|gH
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3Nl$LTOm T!KKu Autodesk, Inc. (中国)
"JPW9{ B9e6}9` Autoplant plant design software
A6ZC;u `0~k:Y3r BARON (非凸性函数全局最优化问题求解)(免费)
*t jkLn0K3}S CCSE Applications Suite(免费)
8cbp8H Vh2O n CFD(计算流体力学)的软件, 数据, 视频和文字资料 (美国爱荷华大学IIHR-水利科学与工程研究中心发布)(部分免费)
U)Z)oD4@T v#f)A"jMt CFDTutor and CFDExpert (CFD学习与模拟软件)
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[9]$T$xK ChemiSoft (化学工程相关软件目录)
x9TOO6| NJ)Y ChemSage (无机物相图计算) J }MU7w
ChemSep (多组分分离过程计算软件)
"hrO,B%|*l){1O Chemstations (过程模拟)
7j OHx)],` COADE, Inc. (管道应力分析与设计、压力容器设计)
^4K4PTS2N1Yoy4I X\2b DESIGN II for Windows (过程模拟软件)
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AV!t DIPPR (物性数据)
!io5v kk1oJ DR Software, Inc. (MSDS管理软件开发商) z-I{ D:e@u"\f D
Element DataSystem (环保实验室信息管理系统) 8GH;EvLrUs
Environmental Technology Network (与环境有关的过程软件)
ES E"G FN!G EPI Suite(与环境有关的物性估算程序包)(免费)
$X0BmkiH ePlantData (过程数据交换方法)
TdN,r9{5f4\t(`9O^ ESM Software(材料科学与工程软件) #~:RL+{,Q3fJ
Flavor Selector 5.0 (调味剂管理工具) [3up}&U+No
Fluent Inc.(CFD软件、流动和传热模拟)
/G n.O[.}$w)~ General Algebraic Modeling System (GAMS, 数学规划软件
7xp4@ g/k*`5r-xw Haddock HazCom (MSDS专业服务公司) %^$uCi.v6^c"Do
HSE Systems (MSDS软件开发以及管理服务商) y}$U[W7OXg&I
Hyprotech (过程模拟)
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*J*F-ZV$[ ImageTrak Software (MSDS管理软件开发与服务) 2Oe8M#vbsOU
ImageWave Corporation (MSDS管理数据库和服务商)
3H,i;O-jF InfoDyne Softwares (MSDS的建立与管理软件, 针对欧洲标准) m.u X.OIwJ1r
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k H } |
_#L Logical Technology, Inc. (环境卫生和安全EH&S软件和服务) Q;@-MU xY
M-Base Company (物性数据库和设计软件)
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J3P5b?:l k MINOPT (模拟优化线性、非线性、混合整数、动态、混合整数非线性问题求解)
z)RBb A]W+XLB Modeling Fluid Flow using Smoothed Particle Hydrodynamics(免费)
"jtn5HO0]} f Moldflow Corporation (注塑模拟)
5@'@W8~5_Kd7La MSDS Archive (将纸载体的MSDS文件转换成符合OSHA标准的电子文档)
F8}.| ZD2Y-B MSDSpro (MSDS和化学品管理服务提供商)
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D~.yy MSDSystem (MSDS 管理, 搜索和修复软件)
w5\{Dmdi OLI Systems (水溶液系统的模拟计算)
0i/V.hr5VK@ Pacific Simulation (造纸过程模拟) lf;^Aus
ParCFD Test Case
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PenSim v2.0(青霉素发酵批处理过程模拟软件，免费) "d K)H pY\.Qf
Philadelphia Mixers (搅拌器/混合器)
^Fe-]%vhq PHOENICS (流体力学计算软件) }wEJ,FJa9M
Prosim (过程模拟软件) 0^t]d:ntm$w/T;L
Reaction Design (反应、物理汽相沉积PVD) W`'H"n5\$Q.UN2r$C
SafeTrax (MSDS创建工具)
&{0WND tz"Y8aq Scandpower AS (石油业咨询、过程模拟) nt;|{\
Selerant (配方产品管理工具, 技术数据表Technical Data Sheets, TDS创建工具) -h)I'j
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SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品
A~gNa8OvxV0E Sim42 (公开源代码的化学过程模拟器项目)(免费) 3LE9r}"` n3~
Simons Technologies, Inc. :\"q#?DX"N"m$I Q
Simulation Sciences Inc. (SIMSCI) nEk Ksb+j;n1_5q
Spotfire(决策支持软件Spotfire DecisionSite)

z7_?9h Z:Qi+o Sunrise Systems (管道流动模拟) o3Vo3t8t NwI7J|
SuperPro Designer (过程模拟)
Q9uZ$QOR Talos (MSDS 管理软件)
%yhn:f8V THERIAK-DOMINO (平衡态及相图计算)(免费)
aj_([n+qe2V Virtual Materials Group, Inc. (面向过程工程的热力学应用产品开发)
U0x nmJ3kC WinSim Inc. (Windows、过程模拟软件)
O+OKfEG 并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
&P7e$G;gi9s 过程控制流程图绘制与管理软件ControlDraw 1(免费) !wS
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过程模拟环境ASCEND(免费)
LuZ.K},M G:ZT
?h6x 韩国岭南大学计算应用流体实验室开发的免费CFD模拟软件(免费) (Iu0X0HeXNWT
化学反应动力学模拟JavaScript Kinetics Simulator(免费)
wM3M|L^#| 化学工程软件目录, [url=http://www.cheresources.com]www.cheresources.com[/url]
?bIhSTiX 化学平衡计算程序EQS4WIN
zi@V*q~rG 挥发性有机物对大气对流层影响的模拟(Tropospheric Chemistry Modelling) 0mV(qUo{0k7Va
计算流体力学软件CFX Ao0P2]H ^
空气和废气性质计算(Air and Exhaust Gas Properties V1.2)(免费) fPomM)N1r
流化床模拟分析软件ERGUN 6.0
4sp R L i2r 流体动力学模拟软件包：FOAM
4j{2t)v|eX"S3a 生物动态成象系统 c!?7@E+j7T0j
水溶液反应库及平衡计算Joint Expert Speciation Syetem (JESS)(免费)
(_V&a$G.A3\^6s)h 填料塔计算Packed Column Calculator
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PlK 烃类二元、三元系平衡模拟软件Equilibria \&v4d6TuKwY8K!|
物性数据库和工程小软件PhysProps, EngVert, PipeDrop
1},WVn6rb~s;{A#t 下载与交换MATLAB开发的程序(免费)
Em:}R;t!@-SG8Gk 相图计算软件MTDATA
)d,UES A)g,RK8B^ 橡胶、塑料部件加工模拟(SIGMA Engineering)
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j'bg'd o}o 英国工程领域高性能计算计划CCP12 (High Performance Computing in Engineering, UK)
g!g|)f5`.{ 与过程工业相关的工程软件导航 （荷兰能源环境署）
]rHqO9_j2L 与过程相关的小型计算工具, Process Associates of America

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